全域土地综合整治项目的实施是一个系统性工程，其一般程序在国家和地方的政策文件中均有明确规定，主要可概括为“谋划-申报-编制-审批-实施-验收”六个关键阶段。以下是基于相关政策文件梳理出的具体实施流程：

一、前期谋划与项目选址

这是项目的启动阶段，核心是确定实施区域和进行可行性评估。

确定实施单元：项目通常以县域为统筹单元，以乡镇为基本实施单元进行谋划。条件成熟的地区，可结合实际探索开展跨乡镇整治。

选址与申报：有意愿的乡镇可向县级人民政府提出申请。县级政府依据国土空间规划，在深入调查分析群众诉求、发展需要、资源禀赋、资金保障和实施能力等基础上，选择确有实施需求并具备条件的乡镇，合理划定实施单元。选址需充分尊重群众意愿，取得村民支持和农村集体经济组织或村民委员会同意。

编制选址建议书：县级自然资源主管部门组织编制项目选址建议书，并达到预可研深度，经市级审核后，报省级自然资源主管部门审查，通过后纳入省级项目储备库。

二、实施方案编制与审批

这是项目的核心规划阶段，将整治构想具体化为可操作的方案。

组织编制：由县级人民政府组织相关部门和乡镇，在切实做好地籍调查、确保权属清晰的基础上，共同编制全域土地综合整治实施方案。方案需以最新年度国土变更调查成果为底图，以国土空间规划为依据。

方案内容：实施方案需明确整治目标、任务、具体项目安排、空间布局、实施时序和资金保障等。内容应完整，并统筹协调土地整治、生态修复、乡村建设等各类行动。涉及“三区三线”局部优化、永久基本农田调整、增减挂钩等内容，应统一纳入方案形成专章。

公众参与与审批：方案编制完成后，必须充分征求所涉及村庄村民的意见，并经农村集体经济组织或村民委员会同意。随后，方案经县级人民政府报市级自然资源主管部门初审，再报省级自然资源主管部门批准。涉及增减挂钩节余指标跨县域流转的，须报省级人民政府批准。

三、项目实施与管理

这是方案的执行阶段，强调规范操作和过程监管。

责任主体：县级人民政府是项目实施的责任主体，负责组织各子项目有序开展。

项目立项：实施方案中的各类子项目应依法依规履行立项和招投标程序。鼓励地方探索“多审合一”等制度创新以简化流程。一些地方（如宁波市）也探索了“主项目统一立项、子项目分类实施”的审批模式。

资金保障：项目实施需做好资金统筹。鼓励地方政府加大财政投入，并发挥政策性金融机构作用，依法依规吸引社会资本参与。同时要注重资金平衡，防范新增地方政府隐性债务。

公众参与：项目实施中，对于当地群众可直接参与的部分，应鼓励群众以投工投劳等方式参与。

四、项目验收与后期管护

这是确保整治成效可持续的关键阶段。

验收程序：实施完成后，依据省级管理办法及相关技术规范，开展子项目验收和整体验收。整体验收通常采取“子项目验收—县级初验—市级整体验收”的模式，最终由省级自然资源主管部门组织开展或确认。鼓励吸收当地群众代表参与验收。

权属调整与登记：整治优化后，应依据整治前不动产权属状况，按照方便耕种、就近安置的原则进行合理权属调整，并依法做好地籍调查和确权登记工作。

数据更新与后期管护：验收通过后，涉及“三区三线”调整的，需按程序更新全国国土空间规划“一张图”数据。同时，必须明确后期管护责任主体，签订管护协议，确保整治成果长期发挥效益。

总结而言，全域土地综合整治的实施程序贯穿了“省级整体部署、县域统筹谋划、群众全程参与、分级审批监管”的核心原则。整个过程强调规划引领、底线管控（如耕地保护、生态红线）、权益保障和实效导向，旨在通过系统治理助力乡村全面振兴。

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