全域土地综合整治项目包括农用地整理、村庄建设用地整理、生态修复等各类型整治项目，项目全生命周期较长，所以，开展全域土地综合整治就需要分阶段考虑，具体可以划分为：立项、实施和验收3个阶段，分步有序实施。

第一阶段：立项

这个阶段是项目的前期阶段，所以需要进行前期工作准备、编制实施方案、编制永久基本农田调整方案、编制村庄规划等。

1、前期工作准备：全域土地综合整治项目并不是一时的，而是一项持续性的工作。所以，在前期工作准备过程中可以成立工作专班，按时间节点推进项目实施、协调解决重大事项、督导各方工作落实等。

2、编制实施方案：在编制实施方案的时候，是需符合国家相关要求的，同时需要衔接国土空间规划。其主要内容包括：（1）划定整治区域规划整治区域需要依据国土空间规划、村庄布局规划以及第三次国土调查、林业调查等有关成果，科学划定，并进一步明确整治方向和重点区域。（2）明确实施内容规划完成之后，还需要统筹分析农用地整理、建设用地整理、生态修复等实施项目，明确项目范围、工程布局，并结合区域实际情况等合理安排项目时序，制定项目分批实施计划。（3）统筹资金来源这部分可以建立多元化投入机制，比如说可以整合使用新增建设用地有偿使用费、土地出让收益、土地复垦费和乡村振兴相关项目资金等;或是充分利用开发性金融机构，政策性银行和社会资本等对土地综合整治的支持作用。（4）研究具体措施研究项目实施具体措施，包括项目全生命周期内的立项、招标、施工验收等。

3、编制永久基本农田调整方案：在编制方案之前，如永久基本农田需要调整的，首先确定调整思路，在统筹“三线”划定的前提下，科学编制调整方案。经审核调整后的方案要确保新增永久基本农田面积不少于调整面积的5%。

4、编制村庄规划：编制村庄规划需要以一个村或若干个行政村为单元进行编制，由县(区)自然资源主管部门指导各乡镇具体组织编制。

第二阶段：实施

在这个阶段，需要按照实施方案和村庄规划去有序统筹推进农用地整理、建设用地整理、生态修复、永久基本农田调整等工作。其具体实施步骤如下：1、明确投资主体和技术单位考虑县(区)经济社会发展实际，结合目前土地综合整治投资模式，综合考虑采用社会资本投资模式开展项目实施，可重点考虑国有平台、龙头企业，确保资金来源。2、招标施工单位组织项目施工根据投资模式，组织项目施工单位招标，依据实施方案、村庄规划、项目可研设计等，按照项目的具体计划去开展整治区域内各类项目工程施工。3、按子项目完成情况分批申报验收申报验收的时候，需要按照整治区域内子项目的具体实施完成情况进行分批验收，需要做到“完成一批、验收一批、调整一批”。

第三阶段：验收

1、县(区)自验依据工程完成情况，专班组织各部门和专家，适时开展内业核查和外业自验工作。2、市自然资源主管部门初验县(区)自验之后，提报市自然资源主管部门组织初级验收。3、省自然资源主管部门终验初级验收结束后，省自然资源主管部门负责组织相关领域专家开展终验。4、上图入库市、县(区)自然资源主管部门需及时将土地综合整治成果上图入库，并同步更新规划数据库、永久基本农田数据库、土地变更调查等相关信息。

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